В отчёте, опубликованном в немецком журнале Stern утверждается, что в 1991 году только 7 % пожертвований, поступивших в Миссию Милосердия, были использованы на благотворительные цели.
Во время природных катаклизмов в Индии, жертвами которых становились сотни тысяч людей, мать Тереза призывала молиться о пострадавших, однако ни разу не пожертвовала деньги для помощи. Исследователи обращают внимание на сомнительные политические связи, огромные суммы денег, проходящие через её руки и плохой уход за больными и умирающими в созданных матерью Терезой 517 миссиях в 100 странах. Прославленная монахиня придерживалась весьма жёстких и догматичных взглядов, полагая, что участь больных — страдать, а также резко возражала против разводов, абортов и контрацепции.
Приюты Миссии Милосердия зачастую отличались крайне удручающим состоянием, были оборудованы в плохо подходящих помещениях, в них было грязно, а больные не получали достаточного питания и обезболивающих. Это нельзя было списать на недостаток средств — Мать Тереза получала деньги в избытке со всего мира. Роберт Фокс (редактор медицинского журнала Lancet) ещё в 1996 году отметил, что фонд имеет множество волонтёров, но практически не привлекает врачей и, по всей видимости, занимается скорее бурной имитацией здравоохранения, чем реальной помощью в современном понимании.
Миссия Милосердия не делала различия между излечимыми и неизлечимыми больными, так что люди, которые могли бы выжить, подвергались риску смерти от инфекции и отсутствия лечения. Сама Мать Тереза называла свои объекты «Дома для умирающих» (Houses of the Dying). В отличие от условий, созданных в приютах, сама Мать Тереза обращалась за квалифицированной медицинской помощью для себя в известные медицинские клиники в Соединенных Штатах, Европе и Индии, что вызвало обвинения в лицемерии от критиков.

Кристофер Хитченс - "Ангел из ада. Мать Тереза Калькуттская" 1994