Это отверстия шахт, которые выделяются на общем фоне благодаря тому, что воды морских глубин всегда темнее, чем на мелководье. Давным-давно, когда уровень моря был ниже, дожди и ручьи промыли глубокие тоннели в известняковых скалах острова; когда же воды в океане прибавилось, все эти ходы оказались затопленными.

Во время приливов на месте Блу-Хоулс образуются настоящие водовороты, втягивающие в себя все плавающее на поверхности: водоросли, доски, лодки. Нередко в этих водоворотах гибнут люди. С наступлением отлива Блу-Хоулс начинают извергать из себя мощные фонтаны воды, иногда содержащие различного рода мусор.

Пруф: http://wondnature.ru/index/0-19

"шахты"?
"синие дыры" - это обвалившиеся затопленные пещеры.

в педивикии про водовороты и фонтаны не указано...

servator (17:16), я так понимаю, "шахты" - это образно, сказано же, дыры промыты дождями.